הסיבה העיקרית לכישלון טיפול שורש היא דליפה של חיידקים חזרה לתוך התעלות.

זה קורה אם הסתימה הזמנית נשארה יותר מדי זמן, או אם הכתר הקבוע לא אוטם טוב.

סיבה נוספת: תעלה נסתרת שהרופא פספס (לכן חשוב מיקרוסקופ!).

וגם: סדק בשורש (שקורה הרבה פעמים בגלל בורג עבה מדי).